La Philip Morris International vanta un comune inizio con la Philip Morris USA, azienda da cui è stata divisa negli anni cinquanta del ventesimo secolo, quando fu creata una divisione che si occupasse degli affari internazionali, pur rimanendo sempre sotto la stessa controllante fino al 2008.

Entrambe le aziende possono quindi affermare di poter far risalire la propria storia fino a Philip Morris, un tabaccaio londinese la cui famiglia nel 1847 aprì un negozio di vendita di tabacco e sigarette a Londra, in Bond Street, che nel 1854 iniziò la produzione di sigarette proprie.

L'embrione della Philip Morris International vede però la luce agli inizi degli anni cinquanta del ventesimo secolo quando all'interno della Philip Morris Co., Ltd, Inc., che nel frattempo era diventata una produttrice di prodotti del tabacco (soprattutto sigarette) con sede a New York e che nel 1919 era stata comprata da George J. Whelan, viene creata una divisione che si occupi di produrre e commercializzare i prodotti Philip Morris nel mondo.

Gli anni cinquanta vedono quindi la crescita della Philip Morris International con la Philip Morris Australia che diventa, nel 1954, la prima filiale della Philip Morris Co., Ltd, Inc., fuori dagli USA e con la prima sigaretta a marca Marlboro (marchio introdotto nel 1924) prodotta al di fuori degli USA, grazie ad un accordo con la svizzera Fabriques de Tabac Réunies, nel 1957.

Nel 1987 la PMI viene quindi incorportata nella Philip Morris Companies Inc., creata nel 1985 durante un nuovo riassetto societario, che nel 2003 cambia nome in Gruppo Altria. Stando a quanto asserito il cambio di nome fu dovuto alla volontà di Philip Morris di enfatizzare il fatto che la gamma dei suoi prodotti andava ben oltre i derivati del tabacco, dato che, all'epoca, essa possedeva, ad esempio, anche l'84% della Kraft Foods Inc., la seconda più grande azienda alimentare del mondo dopo la Nestlé.

Nel 2002, dopo 47 anni, la PMI decide di non rinnovare un accordo risalente al 1955 con la filippina La Suerte Cigar and Cigarette Factory per la produzione e la vendita di sigarette a marchio Marlboro nelle Filippine. Viene così creata la Philip Morris Philippines Manufacturing Inc. (PMPMI) che fa seguito alla Philip Morris Philippines Inc. (PMPI) creata sette anni prima, per gestire non solo tutti gli aspetti relativi alle vendite dei prodotti Philip Morris nelle Filippine come faceva la PMPI, ma anche la loro produzione nel paese. Nel 2010 viene così creata la PMFTC Inc., una joint-venture tra la PMPMI e la filippina Fortune Tobacco Corporation, che controlla il 90% del mercato filippino.

Nel maggio 2005 la PMI acquista per 5 miliardi di dollari il 97,95% della PT Hanjaya Mandala Sampoerna Tbk, la più grande compagnia del tabacco indonesiana, che nel 2006 registra vendite per 3,22 miliardi di dollari, puntando a divenire leader nel mercato delle sigarette kretek (che costituiscono oltre il 90% delle sigarette consumate in Indonesia).

Nel marzo 2008 la Philip Morris International viene scorporata dal Gruppo Altria, all'interno di cui rimane la Philip Morris USA. Come già detto, Altria ha motivato l'uscita della PMI dal gruppo asserendo che così, quest'ultima, avrebbe avuto molta più libertà di movimento nel conseguire lo scopo di aumentare la propria presenza nei mercati emergenti.

Nell'aprile del 2014, la Philip Morris International ha annunciato la chiusura, dopo oltre 60 anni di attività, dell'impianto di produzione australiano di Moorabbin. L'azienda ha motivato la chiusura con il graduale declino delle vendite nell'ultimo decennio e con la difficoltà ad adeguarsi alle leggi sulla diminuzione del rischio incendi emanate nel 2010 dal governo australiano.

Nel 2015, la PMI ha venduto oltre 850 miliardi di sigarette.