Nel 1987 acquisì la quota di maggioranza della Banca Provinciale Lombarda. Questa operazione portò in dote all'Istituto torinese circa 400.000 clienti e una rete distributiva composta da 117 sportelli bancari. Nel 1993 la Banca Provinciale Lombarda e il Banco Lariano furono definitivamente incorporati.

Nel 1991 acquisì il controllo del Crediop, che fu successivamente ceduto a Dexia nel 1999 dal Sanpaolo IMI.

Nel 1992, in seguito alla Legge Amato, l'istituto fu trasformato in società per azioni con il nome di Istituto Bancario San Paolo di Torino S.p.A. e privatizzato. La Compagnia di San Paolo ne rimase il maggior azionista.

Negli anni Novanta divenne la più grande banca italiana per raccolta. Si rese popolare attraverso una campagna pubblicitaria televisiva, interpretata da Vittorio Gassmann nei panni di Nostradamus.

Nel 1997 La Compagnia possedeva il 20.54% del capitale, seguita dal Banco Santander (6.8%) e dall'Istituto Mobiliare Italiano (5%).

Nel 1998 si fuse con l'Istituto Mobiliare Italiano per dare vita al Sanpaolo IMI. Gli azionisti del Sanpaolo ricevettero circa il 55% delle azioni della nuova banca (ovvero 775,184,948)[9]. La Compagnia di San Paolo ne possedeva il 16.4%.