L'anno successivo la crisi dell'economia britannica provocò problemi finanziari alla compagnia mentre permanevano quelli relativi alla cessione dei terreni ademprivili (la cui legge di regolamentazione tardava ad essere approvata). I lavori ebbero inizio solo a fine novembre 1864 dai quattro punti terminali delle linee, Cagliari, Sassari, Oristano e Porto Torres. Il 15 maggio un primo treno per trasporto di materiali partì da Cagliari ma il mese successivo i lavori venivano sospesi su tutte le tratte a causa della grave crisi economica in cui versava la società.

Tra il 22 febbraio 1866 e il 24 marzo 1869 la Compagnia Reale fu impegnata a tentare lo sblocco della situazione proponendo al Governo una seconda revisione della convenzione che venne respinta, poi una terza, che fece la stessa fine e infine una quarta. L'arrivo a Cagliari dell'ingegnere Benjamin Piercy contribuì a sbloccare la situazione perché, dopo una verifica dello stato dei lavori ormai fermi da tempo e l'approvazione delle clausole della quarta convenzione da parte degli azionisti della CRFS, il 28 agosto 1870 il governo la convertì in legge.

Quintino Sella, ministro delle finanze, in una relazione esemplare, aveva sostenuto che la poca redditività dell'industria mineraria sarda era riconducibile soprattutto all'alta incidenza delle spese di trasporto e che se il treno fosse potuto arrivare ad Iglesias, il costo dei trasporti minerari sarebbe caduto da 15 lire per tonnellata a 4, e forse a 3. I lavori ripresero nel mese di febbraio del 1871.