L'anno successivo la crisi dell'economia britannica provocò problemi finanziari alla compagnia mentre permanevano quelli relativi alla cessione dei terreni ademprivili (la cui legge di regolamentazione tardava ad essere approvata). I lavori ebbero inizio solo a fine novembre 1864 dai quattro punti terminali delle linee, Cagliari, Sassari, Oristano e Porto Torres. Il 15 maggio un primo treno per trasporto di materiali partì da Cagliari ma il mese successivo i lavori venivano sospesi su tutte le tratte a causa della grave crisi economica in cui versava la società.

Tra il 22 febbraio 1866 e il 24 marzo 1869 la Compagnia Reale fu impegnata a tentare lo sblocco della situazione proponendo al Governo una seconda revisione della convenzione che venne respinta, poi una terza, che fece la stessa fine e infine una quarta. L'arrivo a Cagliari dell'ingegnere Benjamin Piercy contribuì a sbloccare la situazione perché, dopo una verifica dello stato dei lavori ormai fermi da tempo e l'approvazione delle clausole della quarta convenzione da parte degli azionisti della CRFS, il 28 agosto 1870 il governo la convertì in legge.